Un equipo del Instituto Nacional de Investigación para la Agricultura, la Alimentación y el Medio Ambiente de Francia (INRAE), junto a la compañía de bioinsumos Elephant Vert, publicó la secuencia genómica completa de dos cepas bacterianas capaces de proteger a las plantas frente a patógenos. El trabajo apareció en agosto en ‘Microbiology Resource Announcements’, revista de la Sociedad Estadounidense de Microbiología.
Las cepas, denominadas MRL14-522 y MRL14-108, pertenecen a la especie Bacillus velezensis y fueron aisladas en 2014 en Avignon, en el sur de Francia. La primera se obtuvo de semillas de prímula (Primula vulgaris). La segunda salió de esclerocios de Sclerotinia sclerotiorum, que son las estructuras de resistencia del hongo causante del moho blanco, recolectados en suelo infestado. Estudios previos del mismo grupo ya habían demostrado su eficacia como agentes de control biológico y su capacidad para producir metabolitos antifúngicos.
UNA ESPECIE CON OTRO NOMBRE
Los autores recuerdan un dato relevante para la industria: la mayoría de los Bacillus comerciales usados contra enfermedades de plantas son en realidad B. velezensis, aunque muchas veces están registrados como B. subtilis o B. amyloliquefaciens. La confusión se debe a reclasificaciones taxonómicas recientes basadas en genómica.
Para confirmar la identidad de sus cepas, los investigadores compararon los genomas con la cepa de referencia de la especie. La identidad nucleotídica promedio superó el 98%, por encima del umbral de 95% que se usa habitualmente para delimitar especies bacterianas.
CÓMO SE HIZO
La secuenciación combinó dos tecnologías complementarias. Las lecturas largas de Oxford Nanopore sirvieron para ensamblar el genoma completo. Las lecturas cortas de Illumina, de alta precisión, se usaron para corregir errores. El trabajo se realizó en la plataforma del Instituto de Biología Integrativa de la Célula, en Gif-sur-Yvette.
Cada cepa posee un único cromosoma circular, de casi 4,0 millones de pares de bases en MRL14-522 y de 4,06 millones en MRL14-108. La anotación identificó 3.674 y 3.745 secuencias codificantes, respectivamente. En cada genoma se detectó además un profago intacto, es decir, el ADN de un virus bacteriano integrado en el cromosoma.
POR QUÉ IMPORTA
Disponer del genoma completo permite rastrear los genes responsables de los compuestos antifúngicos y verificar con precisión la identidad de cada cepa. Ambos aspectos son fundamentales para el registro de bioproductos. Las dos cepas quedaron depositadas en la Colección Nacional de Cultivos de Microorganismos del Instituto Pasteur, en París, y sus secuencias están disponibles en GenBank.
Para América Latina el interés es directo. Sclerotinia sclerotiorum ataca cultivos como soya, poroto, girasol, raps y hortalizas de hoja, y en la región crece la demanda de alternativas biológicas a los fungicidas químicos. Un estudio complementario del mismo grupo, en prensa en la revista BioControl, advierte que la temperatura es un factor crítico para que la protección que ofrecen estos agentes sea confiable en el campo.
Información del artículo
